hnutí, které by se vyvinulo v Moravskou církev, založil katolický kněz Jan Hus (česky Jan Hus) na počátku patnáctého století. Církev byla založena jako reakce na praktiky římskokatolické církve. Hus se chtěl vrátit Církev v Čechách a na Moravě do praxe raného Křesťanství: provedení liturgii v jazyce lidu, který umožňuje položit lidí, přijímat chléb a kalich během přijímání, a odstranění Papežské odpustky a představa očistce., Hnutí získalo na chvíli královskou podporu a určitou nezávislost, dokonce se rozšířilo přes hranice do Polska, ale nakonec bylo nuceno podléhat správě Říma.

pohotovostní Hus, následovníci udeřil dohodu s Římem, které jim umožnilo realizovat většinu svých naukových cílů, přičemž se uznává autoritu Římsko-Katolické Církve; tyto byly tzv. Utraquists., Zbývající Husité nadále fungovat mimo Římský Katolicismus a, do padesáti let Husově smrti se stal samostatně organizovaný jako Český Bratří‘ nebo Jednoty Bratrské. Tato skupina udržovala husitskou teologii (která se později přiklonila k Luteránskému učení), při zachování historického biskupství, a to i během jejich pronásledování. Kostel Českých bratří byl založen v Českém Kunvaldu v roce 1457.

Moravané byli nejstarší protestantskou církví, která se vzbouřila proti autoritě Říma asi padesát let před Martinem Lutherem., Jedním z neobvyklých a (pro svou dobu) šokujících přesvědčení bylo případné zaměření skupiny na všeobecné vzdělávání. V polovině 16.století bylo až 90% obyvatel českých zemí protestantských. Většina šlechty byla protestantská, vzkvétaly školy a tiskárny zřízené Moravskou církví. Velmi často byli bratři chráněni místními šlechtici, kteří se připojili k jejich řadám, aby prosadili svou nezávislost na habsburské Vídni., V polovině 16. století nebylo v českých zemích jediné město bez protestantské školy a mnozí měli více než jednoho, většinou se dvěma až šesti učiteli. V Jihlavě, hlavních Protestantských center na Moravě, bylo tam šest škol: dva české, dva německé, jeden pro dívky a jeden výuku v latině, která byla na úrovni střední / základní školy, přednášel na latinské, řecké a hebrejské, Rétorika, Dialektika, základy Filozofie a výtvarného umění, stejně jako náboženství podle Luteránské Augustana., S Pražskou univerzitou také pevně v rukou protestantů nemohla místní Katolická církev konkurovat v oblasti vzdělávání. Proto Jezuité byli pozváni, s podporou Katolické Habsburské panovníky, aby přišli do českých zemí a vytvoření počet Katolických vzdělávacích institucí, především Akademii v Praze a na Akademii v Olomouci, Moravské metropole.

Nicméně, šlechty byl schopen přinutit císaře Rudolfa II. k vydání Majestátu v roce 1609, zaručující náboženskou svobodu v Království českém.,

Rudolf II. byl následován v roce 1612, jeho bratr, Císař Matyáš, který se snažil nainstalovat divoce Katolík Ferdinand Štýrský na Český trůn (který byl spojen s, která v Březnu z Moravy), ale v roce 1618 Protestantské českých a Moravských šlechticů, kteří se obávali ztráty náboženské svobody (dva Protestantské kostely, které jsou již násilně uzavřen), začal stavovského Povstání. Vzpoura byla poražena v roce 1620 v bitvě na Bílé hoře., V důsledku toho byli místní protestantští šlechtici buď popraveni, nebo vyhoštěni ze země, zatímco Habsburkové dali na své místo katolickou (a většinou německy mluvící) šlechtu. Český jazyk byl postupně redukován na komunikační prostředek mezi rolníky, kteří byli často negramotní. Éra je obecně popisována jako temná doba českého národa.

protestantům bylo nabídnuto ultimátum., Byli nuceni si vybrat buď opustit mnoho a rozmanité jihovýchodní knížectví, co bylo Svaté Říše Římské (především Rakousko, Maďarsko, Čechy, Morava, Slezsko a části Německa a jeho mnoha státy), nebo praktikovat svou víru tajně. Bratři byli nuceni pracovat pod zemí a nakonec se rozptýlili po severní Evropě až do nízkých zemí,kde se biskup John Amos Comenius pokusil o obnovení., Největší zbývající společenství Bratří se nachází v Lisse, v Polsku, která měla historicky silné vazby s Čechy, a v malých izolovaných skupin na Moravě.