Allopatric speciace nastane, když nový druh se vyvíjí v geografické izolaci od jeho předchůdce. Může se to stát takto:

jeden druh by se mohl rozdělit na dva, pokud by fyzická bariéra, jako je nová řeka, rozdělila svůj geografický rozsah. Pokud je bariéra dostatečně velká, tok genů mezi nimi by přestal a obě oddělené populace by se vyvíjely nezávisle. Postupem času by v nich byly fixovány různé alely, a to buď kvůli nebezpečí mutace a driftu, nebo proto, že výběr upřednostňoval různé znaky ve dvou.,

pokud jsou obě populace odděleny dostatečně dlouho, aby došlo k významné divergenci, pak pokud je bariéra odstraněna a populace se znovu spojí, mohou zůstat odlišné od sebe navzájem. Mechanismus prezygotické nebo postzygotické izolace by jim zabránil v inter chovu. Tam by nyní byly dva druhy, kde byl dříve jeden.

animace ilustruje proces alopatrické speciace.

obrázek: dva modely allopatrické speciace., a) model zvonu, ve kterém je rodový druh rozdělen na dvě zhruba stejné poloviny, z nichž každá tvoří nový druh. b) model periferního izolátu, ve kterém se nové druhy tvoří z populace izolované na okraji rodového druhu.