Die Bewegung, die sich zur mährischen Kirche entwickeln würde, wurde von einem katholischen Priester namens Jan Hus (auf Englisch John Hus) im frühen fünfzehnten Jahrhundert begonnen. Die Kirche wurde als Reaktion auf die Praktiken der römisch-katholischen Kirche gegründet. Hus wollte die Kirche in Böhmen und Mähren zu den Praktiken des frühen Christentums zurückbringen: die Liturgie in der Sprache des Volkes durchführen, den Laien erlauben, sowohl das Brot als auch den Becher während der Kommunion zu erhalten, und päpstliche Ablässe und die Idee des Fegefeuers beseitigen., Die Bewegung erlangte für eine Weile königliche Unterstützung und eine gewisse Unabhängigkeit, breitete sich sogar über die Grenze nach Polen aus, musste aber schließlich der Regierung Roms unterworfen werden.

Eine Kontingenz von Hus ‚ Anhängern traf einen Deal mit Rom, der es ihnen ermöglichte, die meisten ihrer doktrinären Ziele zu verwirklichen und gleichzeitig die Autorität der römisch-katholischen Kirche anzuerkennen; Diese wurden die Utraquisten genannt., Die übrigen Hussiten operierten weiterhin außerhalb des römischen Katholizismus und waren innerhalb von fünfzig Jahren nach Hus ‚Tod als“ Böhmische Brüder “ oder Einheit der Brüder unabhängig organisiert worden. Diese Gruppe behielt die hussitische Theologie bei (die sich später auf lutherische Lehren stützte), während sie das historische Episkopat auch während ihrer Verfolgung beibehielt. Die Böhmische Brüderkirche wurde 1457 in Kunvald, Böhmen, gegründet.

Die Mähren waren die früheste protestantische Kirche, rebellieren gegen die Autorität Roms etwa fünfzig Jahre vor Martin Luther., Ein ungewöhnlicher und (für seine Zeit) schockierender Glaube war der Fokus der Gruppe auf universelle Bildung. Jahrhunderts waren bis zu 90% der Einwohner der tschechischen Länder protestantisch. Die Mehrheit des Adels war protestantisch, die von der Mährischen Kirche gegründeten Schulen und Druckereien florierten. Sehr oft wurden die Brüder von lokalen Adligen beschützt, die sich ihren Reihen anschlossen, um ihre Unabhängigkeit vom habsburgischen Wien zu behaupten., Jahrhunderts gab es in den tschechischen Ländern keine einzige Stadt ohne protestantische Schule, und viele hatten mehr als eine, meist mit jeweils zwei bis sechs Lehrern. In Jihlava, einem protestantischen Hauptzentrum in Mähren, gab es sechs Schulen: zwei tschechische, zwei deutsche, eine für Mädchen und eine für Latein, die auf der Ebene eines Gymnasiums / Gymnasiums unterrichtet wurden, Vorträge über Latein, Griechisch und Hebräisch, Rhetorik, Dialektik, Grundlagen der Philosophie und bildenden Künste sowie Religion nach der lutherischen Augustana., Da die Universität Prag auch fest in den Händen der Protestanten war, konnte die örtliche katholische Kirche im Bildungsbereich nicht mithalten. Daher wurden die Jesuiten mit Unterstützung der katholischen habsburgischen Herrscher eingeladen, in die tschechischen Länder zu kommen und eine Reihe katholischer Bildungseinrichtungen einzurichten, darunter die Akademie in Prag und die Akademie in Olmütz, der mährischen Hauptstadt.

Dennoch konnte der Adel den Kaiser Rudolf II. 1609 zwingen, einen Majestätsbrief auszustellen, um die Religionsfreiheit im Königreich Böhmen zu wahren.,wurde 1612 von seinem Bruder, dem Kaiser Matthias, abgelöst, der versuchte, den erzkatholischen Ferdinand von der Steiermark auf dem böhmischen Thron (der mit dem Marsch von Mähren verbunden war) zu installieren, aber 1618 begannen die protestantischen böhmischen und mährischen Adligen, die befürchteten, die Religionsfreiheit zu verlieren (zwei der protestantischen Kirchen wurden bereits gewaltsam geschlossen), den böhmischen Aufstand. Der Aufstand wurde 1620 in der Schlacht von White Mountain besiegt., Infolgedessen wurden die örtlichen protestantischen Adligen entweder hingerichtet oder aus dem Land vertrieben, während die Habsburger den katholischen (und meist deutschsprachigen) Adel an ihre Stelle setzten. Die tschechische Sprache wurde allmählich auf ein Kommunikationsmittel zwischen Bauern reduziert, die oft Analphabeten waren. Die Ära wird allgemein als das dunkle Zeitalter der tschechischen Nation beschrieben.

Protestanten wurde ein Ultimatum gestellt., Sie waren gezwungen, entweder die vielfältigen südöstlichen Fürstentümer des Heiligen Römischen Reiches (hauptsächlich Österreich, Ungarn, Böhmen, Mähren, Schlesien und Teile Deutschlands und seiner vielen Staaten) zu verlassen oder ihren Glauben heimlich zu praktizieren. Die Brüder waren gezwungen, unterirdisch zu operieren und zerstreuten sich schließlich in Nordeuropa bis in die niederen Länder, wo Bischof John Amos Comenius versuchte, ein Wiederaufleben zu führen., Die größten verbliebenen Gemeinden der Brüder befanden sich in Lissa in Polen, das historisch starke Beziehungen zu den Tschechen hatte, und in kleinen, isolierten Gruppen in Mähren.