Le 8 septembre 1787, Marie-Thérèse épouse par procuration le Prince Antoine de Saxe à Florence; le couple se marie plus tard en personne à Dresde le 18 octobre 1787. Anthony avait déjà été marié à Maria Carolina de Savoie, décédée de la variole en 1782. L’opéra Don Giovanni de Mozart devait à l’origine être joué en L’honneur de Marie-Thérèse et Antoine Clément pour leur visite à Prague le 14 octobre 1787, alors qu’ils voyageaient entre Dresde et Vienne, et les livrets ont été imprimés avec dédicace.,

la première n’a cependant pas pu être arrangée à temps, de sorte que L’opéra le mariage de Figaro a été remplacé sur ordre exprès de L’oncle de Marie-Thérèse, L’Empereur du Saint-Empire romain Joseph II. le choix du mariage de Figaro a été considéré comme inapproprié pour une nouvelle épouse par de nombreux observateurs, et le couple Mozart se plaignit amèrement des intrigues entourant cet incident dans une lettre à son ami Gottfried von Jacquin qui fut écrite par étapes entre le 15 octobre et le 25 octobre 1787., Elle était également présente à Prague en septembre 1791 pour la première de L’Opéra de Mozart La clemenza di Tito, qui a été écrit dans le cadre des célébrations en l’honneur du couronnement de son père comme roi de Bohême.

Marie-Thérèse a été décrite comme un personnage simple et simple consacré à une vie familiale privée, et elle aurait été soulagée d’épouser un conjoint qui, au moment de leur mariage, ne devait pas succéder à un trône. Ses quatre enfants sont tous morts en bas âge., Cependant, à la mort de sa cousine et belle-sœur, La Princesse Caroline de Parme, elle et son autre belle-sœur, Amalie de Zweibrücken-Birkenfeld, ont partagé la responsabilité d’élever les enfants de la première, ce qu’ils auraient fait très strictement.