DNA-sequencing
DNA-sequencing is een laboratoriummethode die wordt gebruikt om de sequentie van een DNAmolecule te bepalen. De methode werd ontwikkeld door Frederick Sanger in 1975, die later in 1980 de Nobelprijs voor de scheikunde kreeg voor zijn bijdragen aan het begrijpen van DNA-sequenties. Bijgevolg, wordt het vaak bedoeld als het rangschikken van Sanger.
bij Sanger-sequencing behoudt het te sequenced DNA zich als een sjabloon voor DNA-synthese. Een inleiding van DNA wordt ontworpen om astarting punt voor de synthese van DNA op de te rangschikken bundel van DNA te zijn., Er worden vier individuele DNA-synthesereacties uitgevoerd. De vier reacties omvatten formele A, G, C, en T deoxynucleotidetrifosfaten (dNTPs), en elk bevatten een laag niveau van een van vier dideoxynucleotidetrifosfaten (ddNTPs): ddATP, ddGTP, ddCTP, of ddTTP. De vier reacties kunnen A, G, C en T worden genoemd, volgens welke van de vier ddntps werd opgenomen. Wanneer een ddNTP in een keten van nucleotiden wordt opgenomen, eindigt de synthese. Dit is omdatde ddntp-molecule een 3′ hydroxylgroep mist, die wordt vereist om een verbinding met het volgende nucleotide in de ketting te vormen., Aangezien de ddNTPs willekeurig zijn opgenomen, eindigt de synthese op veel verschillende posities voor elke reactie.
na de synthese worden de producten van de A -, G -, C-en T-reacties afzonderlijk geladen in vier rijstroken van één gel en gescheiden met behulp van gelelectroforese, een methode die DNA-fragmenten scheidt naar hun grootte. De banden van het gel worden gedetecteerd, en dan wordt de opeenvolging gelezen van de bodem van het gel aan de bovenkant, met inbegrip van banden in alle vier rijstroken., Bijvoorbeeld, als de laagste band over alle vier rijstroken in de reactiestrook a verschijnt, dan is het eerste nucleotide in de opeenvolging A. dan als de volgende band van bodem aan bovenkant in de steeg T verschijnt, is het tweede nucleotide in de opeenvolging T, enzovoort.Wegens het gebruik van dideoxynucleotides in de reacties, wordt het rangschikken van Sanger ook genoemd “dideoxy” rangschikkend.