Allopatric speciation treedt op wanneer een nieuwe soort in geografische isolatie van zijn voorouder evolueert. Het kan als volgt gebeuren:

een soort zou in twee kunnen splitsen als een fysieke barrière, zoals een nieuwe rivier, zijn geografische bereik verdeelde. Als de barrière groot genoeg is, zou de genstroom tussen hen ophouden en zouden de twee afzonderlijke populaties onafhankelijk evolueren. Na verloop van tijd zouden er verschillende allelen in gefixeerd zijn, hetzij vanwege de gevaren van mutatie en drift, of omdat selectie verschillende karakters in de twee bevoordeelde.,

als de twee populaties lang genoeg van elkaar gescheiden zijn om significante divergentie te hebben plaatsgevonden, dan kunnen ze, als de barrière wordt verwijderd en de populaties worden herenigd, van elkaar gescheiden blijven. Een prezygotische of postzygotische isolatie mechanisme zou voorkomen dat ze inter fokken. Er zouden nu twee soorten zijn waar er vroeger één was.

een animatie illustreert het proces van allopatric speciatie.

figuur: twee modellen van allopatric speciatie., (A) het dumb-bell model waarin de voorouderlijke soort is verdeeld in twee ongeveer gelijke helften, die elk een nieuwe soort vormen. b) het perifeer isolaatmodel, waarin de nieuwe soorten ontstaan uit een populatie geïsoleerd aan de rand van het voorouderlijke soortengebied.