de beweging die zich zou ontwikkelen tot de Moravische kerk werd gestart door een katholieke priester genaamd Jan Hus (in het Engels John Hus) in het begin van de vijftiende eeuw. De kerk werd opgericht als reactie op de praktijken van de Rooms-Katholieke Kerk. Hus wilde de kerk in Bohemen en Moravië terugbrengen naar de gebruiken van het vroege christendom: het uitvoeren van de liturgie in de taal van het volk, het toestaan van leken om zowel het brood als de beker te ontvangen tijdens de communie, en het elimineren van pauselijke aflaten en het idee van het vagevuur., De beweging kreeg Koninklijke steun en een zekere onafhankelijkheid voor een tijdje, zelfs verspreid over de grens naar Polen, maar werd uiteindelijk gedwongen om te worden onderworpen aan het bestuur van Rome.een onvoorziene gebeurtenis van HUS ‘ volgelingen sloot een deal met Rome die hen in staat stelde om de meeste van hun doctrinaire doelen te realiseren, terwijl ze het gezag van de Rooms-Katholieke Kerk erkennen; deze werden de Utraquisten genoemd., De resterende Hussieten bleven buiten het Rooms-Katholicisme opereren en waren binnen vijftig jaar na de dood van Hus onafhankelijk georganiseerd als de ‘Boheemse broeders’ of eenheid van de Broeders. Deze groep handhaafde Hussitische theologie (die later zou neigen naar Lutherse leringen), terwijl het historische Episcopaat behouden bleef, zelfs tijdens hun vervolging. De Boheemse broeders kerk werd opgericht in Kunvald, Bohemen, in 1457.de Moraviërs waren de vroegste Protestantse Kerk, die ongeveer vijftig jaar voor Maarten Luther in opstand kwamen tegen het gezag van Rome., Een ongebruikelijke en (voor zijn tijd) schokkende overtuiging was de uiteindelijke focus van de groep op universeel onderwijs. Tegen het midden van de 16e eeuw was maar liefst 90% van de inwoners van de Tsjechische landen Protestants. De meerderheid van de adel was protestants, de scholen en drukkerijen opgericht door de Moravische Kerk bloeiden. Heel vaak werden de Broeders beschermd door lokale edelen die hun gelederen vervoegden om hun onafhankelijkheid van Habsburg Wenen te bevestigen., Tegen het midden van de 16e eeuw was er geen enkele stad zonder protestantse school in de Tsjechische landen, en velen hadden meer dan een, meestal met twee tot zes leraren elk. In Jihlava, het belangrijkste Protestantse centrum in Moravië, waren er zes scholen: twee Tsjechische, twee Duitse, een voor meisjes en een onderwijs in het Latijn, dat was op het niveau van een middelbare school, lezingen over Latijn, Grieks en Hebreeuws, retoriek, dialectiek, grondbeginselen van de filosofie en schone kunsten, evenals religie volgens de Lutherse Augustana., Met de Universiteit van Praag ook stevig in handen van protestanten, de lokale katholieke kerk was niet in staat om te concurreren op het gebied van het onderwijs. Daarom werden de Jezuïeten, met de steun van de Katholieke Habsburgse heersers, uitgenodigd om naar de Tsjechische landen te komen en een aantal katholieke onderwijsinstellingen op te richten, met name de Academie in Praag en de Academie in Olomouc, Moravische hoofdstad.desondanks kon de adel keizer Rudolf II dwingen om in 1609 een Majesteitsbrief uit te geven, om zo de godsdienstvrijheid in het koninkrijk Bohemen veilig te stellen.,Rudolf II werd in 1612 opgevolgd door zijn broer, de keizer Matthias, die de fel Katholieke Ferdinand van Stiermarken op de Boheemse troon wilde plaatsen (die verbonden was met die van de mars van Moravië), maar in 1618 begonnen de Protestantse Boheemse en Moravische edelen, die vreesden de godsdienstvrijheid te verliezen (twee van de Protestantse kerken waren al met geweld gesloten), de Boheemse Opstand. De opstand werd verslagen in 1620 in de Slag bij White Mountain., Als gevolg hiervan werden de lokale protestantse edelen geëxecuteerd of het land uitgezet, terwijl de Habsburgers de katholieke (en vooral Duitstalige) adel in hun plaats plaatsten. De Tsjechische taal werd geleidelijk gereduceerd tot een communicatiemiddel tussen boeren, die vaak analfabeet waren. Het tijdperk wordt over het algemeen beschreven als het donkere tijdperk van de Tsjechische natie.

protestanten werd een ultimatum aangeboden., Ze werden gedwongen om ofwel de vele en gevarieerde zuidoostelijke vorstendommen van wat het Heilige Roomse Rijk was (voornamelijk Oostenrijk, Hongarije, Bohemen, Moravië, Silezië en delen van Duitsland en zijn vele staten) te verlaten, of om hun geloof in het geheim te beoefenen. De broeders werden gedwongen om ondergronds te opereren en verspreidden zich uiteindelijk over Noord-Europa tot aan de Lage Landen, waar bisschop John Amos Comenius probeerde een heropleving te leiden., De grootste overgebleven gemeenschappen van de broeders waren gevestigd in Lissa in Polen, dat historisch sterke banden had met de Tsjechen, en in kleine, geïsoleerde groepen in Moravië.