Op 8 September 1787 trouwde Maria Theresia met Prins Antonius van Saksen bij volmacht in Florence; het echtpaar trouwde later persoonlijk in Dresden op 18 oktober 1787. Antonius was eerder getrouwd geweest met Maria Carolina van Savoye, die in 1782 stierf aan de pokken. Mozart ’s opera Don Giovanni was oorspronkelijk bedoeld om te worden uitgevoerd ter ere van Maria Theresia en Anthony Clement voor hun bezoek aan Praag op 14 oktober 1787, als ze reizen tussen Dresden en Wenen, en libretto’ s werden gedrukt met toewijding aan hen.,de première kon echter niet op tijd worden geregeld, dus de opera het huwelijk van Figaro werd vervangen op uitdrukkelijke orders van Maria Theresia ‘ s oom, keizer Jozef II van het Heilige Roomse Rijk. de keuze van het huwelijk van Figaro werd door veel waarnemers als ongepast beschouwd voor een nieuwe bruid, en het echtpaar verliet het operatheater vroeg zonder het volledige werk te zien. Mozart klaagde bitter over de intriges rond dit incident in een brief aan zijn vriend Gottfried von Jacquin, geschreven in fasen tussen 15 oktober en 25 oktober 1787., Ze was ook aanwezig in Praag in September 1791 voor de première van Mozarts opera La clemenza di Tito, die werd geschreven als onderdeel van de viering daar ter ere van de kroning van haar vader als koning van Bohemen.Maria Theresia werd beschreven als een eenvoudig en huiselijk karakter gewijd aan een privé-gezinsleven, en ze was naar verluidt opgelucht om te trouwen met een echtgenoot van wie op het moment van hun huwelijk niet werd verwacht dat hij een troon zou kunnen behalen. Haar vier kinderen stierven allemaal als baby ‘ s., Bij de dood van haar nicht en schoonzuster, prinses Carolina van Parma, deelden zij en haar andere schoonzuster, Amalie van Zweibrücken-Birkenfeld, echter de verantwoordelijkheid om de kinderen van de eerste op te voeden.