ostatnie lata dynastii Yuan były naznaczone walką, głodem i goryczą wśród ludności. Z czasem następcy Kubilaj-chana utracili wszelkie wpływy na innych mongolskich ziemiach w całej Azji, ponieważ Mongołowie poza Królestwem środka postrzegali ich jako zbyt Chińskich. Stopniowo tracili także wpływy w Chinach., Rządy późniejszych cesarzy Yuan były krótkie i naznaczone intrygami i rywalizacjami. Niezainteresowani administracją, byli oddzieleni zarówno od armii, jak i od ludności, a Chiny były rozdarte przez rozłam i niepokoje. Banici spustoszyli kraj bez ingerencji słabnących armii Yuan.

od końca 1340 roku mieszkańcy wsi cierpieli z powodu częstych klęsk żywiołowych, takich jak susze, powodzie i wynikające z nich głody, a brak skutecznej polityki rządu doprowadził do utraty poparcia społecznego., W 1351 roku wybuchło powstanie czerwonych Turbanów, które przerodziło się w powstanie ogólnokrajowe. W 1354 r., gdy Toghtogha poprowadził wielką armię, aby zmiażdżyć rebeliantów czerwonych Turbanów, Toghun Temür nagle zdymisjonował go z obawy przed zdradą. Doprowadziło to do przywrócenia władzy Toghun Temür z jednej strony i szybkiego osłabienia rządu centralnego z drugiej. Nie miał innego wyboru, jak polegać na potędze militarnej lokalnych watażków i stopniowo tracił zainteresowanie polityką i przestał interweniować w walki polityczne, które doprowadziły do oficjalnego końca dynastii Yuan w Chinach., Po nieudanych próbach odzyskania Khanbaliqa, zmarł w Yingchang (w dzisiejszej Mongolii Wewnętrznej) w 1370 roku. Yingchang został zajęty przez Ming wkrótce po jego śmierci. Część członków rodziny królewskiej Yuan do dziś mieszka w Henan.

Książę Bazalawarmi z Liang ustanowił osobną kieszeń oporu przeciwko Mingom w Yunnan i Guizhou, ale jego siły zostały zdecydowanie pokonane przez Ming w 1381 roku. W 1387 roku pozostałe siły Yuan w Mandżurii pod wodzą Naghachu również poddały się dynastii Ming.,

północny Yuan

resztki Yuan wycofały się do Mongolii po upadku dynastii Ming w 1370 roku i tam formalnie nosiło nazwę Wielki Yuan w tzw. Północnej dynastii Yuan. Według chińskiej ortodoksji politycznej, mogła istnieć tylko jedna legalna dynastia, której władcy zostali pobłogosławieni przez niebo, aby rządzić jako cesarze Chin, i tak Ming i Północny Yuan zaprzeczali sobie nawzajem prawowitości jako cesarze Chin, chociaż Ming uważali poprzedni Yuan za legalną dynastię., Historycy ogólnie uważają władców dynastii Ming za prawowitych cesarzy Chin po dynastii Yuan.

w 1372 r.armia Ming wkroczyła do Mongolii, ale została pokonana przez Mongolskie siły pod wodzą Biligtü Chana Ayushiridara i jego generała Köke Temüra. Próbowali ponownie w 1380 roku, ostatecznie odnosząc decydujące zwycięstwo nad północnym Juanem w 1388 roku. Około 70 000 Mongołów zostało wziętych do niewoli, a Karakorum (północna stolica Yuanu) zostało splądrowane., Osiem lat później TRON Północnego Yuanu przejął Biligtü Chan Ayushiridara, potomek Ariqa Böke, zamiast Potomków Kubilaj-chana. W następnych stuleciach następowali po sobie władcy Czyngisydzi, z których wielu było zwykłymi figurantami umieszczonymi na tronie przez tych watażków, którzy okazali się najpotężniejsi. Okresy konfliktu z dynastią Ming przeplatały się z okresami pokojowych stosunków z handlem granicznym.

Północny Juan w swoim największym zasięgu terytorialnym.,