specjacja Allopatryczna występuje, gdy nowy gatunek ewoluuje w izolacji geograficznej od swojego przodka. Może się to zdarzyć tak:

jeden gatunek mógłby się podzielić na dwa, gdyby fizyczna bariera, taka jak nowa rzeka, podzieliła jego zasięg geograficzny. Jeśli bariera jest wystarczająco duża, przepływ genów między nimi ustanie i dwie oddzielne populacje ewoluują niezależnie. Z czasem różne allele byłyby w nich stałe, albo ze względu na ryzyko mutacji i dryfu, albo dlatego, że selekcja faworyzowała różne postacie w obu.,

Jeśli obie populacje są rozdzielone na tyle długo, aby miały miejsce znaczące rozbieżności, to jeśli bariera zostanie usunięta i populacje zostaną ponownie połączone, mogą pozostać od siebie odrębne. Mechanizm izolacji prezygotycznej lub postzygotycznej uniemożliwiałby ich międzylaboratoryjne rozmnażanie. Obecnie istnieją dwa gatunki, w których dawniej istniał jeden.

animacja ilustruje proces specjacji allopatrycznej.

rysunek: dwa modele specjacji allopatrycznej., a) model dumb-bell, w którym gatunek przodków jest podzielony na dwie mniej więcej równe połowy, z których każda tworzy nowy gatunek. b) model izolacji obwodowej, w którym nowe gatunki tworzą się z populacji odizolowanej na skraju zasięgu gatunku przodków.