ruch, który przekształci się w Kościół Morawski został zapoczątkowany przez katolickiego księdza o imieniu Jan Hus (po angielsku John Hus) na początku XV wieku. Kościół powstał jako reakcja na praktyki Kościoła rzymskokatolickiego. Hus chciał przywrócić Kościołowi w Czechach i na Morawach praktyki wczesnego chrześcijaństwa: sprawowanie liturgii w języku ludu, umożliwienie świeckim przyjmowania zarówno chleba, jak i kielicha podczas komunii, a także wyeliminowanie papieskich odpustów i idei czyśćca., Ruch zyskał Królewskie poparcie i pewną niezależność na jakiś czas, nawet rozprzestrzeniając się przez granicę do Polski, ale ostatecznie został zmuszony do podporządkowania się rządom Rzymu.

zwolennicy Husa zawarli układ z Rzymem, który pozwolił im zrealizować większość swoich celów doktrynalnych, uznając jednocześnie autorytet Kościoła rzymskokatolickiego; nazywano ich Utrakwistami., Pozostali husyci nadal działali poza Rzymskim katolicyzmem i w ciągu pięćdziesięciu lat od śmierci Husa stali się niezależnie zorganizowani jako „bracia Bohemscy” lub jedność braci. Grupa ta utrzymywała teologię Husycką (która później skłaniała się ku nauczaniu Luterańskiemu), zachowując jednocześnie historyczny Episkopat, nawet podczas prześladowań. Kościół Braci Czeskich został założony w Kunvald w Czechach w 1457 roku.

Morawianie byli najwcześniejszym Kościołem protestanckim, buntującym się przeciwko władzy Rzymu około pięćdziesiąt lat przed Marcinem Lutrem., Jednym z niezwykłych i (jak na swój czas) szokujących przekonań było ostateczne skupienie się grupy na powszechnej edukacji. Do połowy XVI wieku aż 90% mieszkańców ziem czeskich było protestantami. Większość szlachty była protestancka, rozwijały się szkoły i drukarnie założone przez Kościół Morawski. Bardzo często bracia byli chronieni przez miejscową szlachtę, która przyłączyła się do ich szeregów, aby uzyskać niezależność od Habsburgów wiedeńskich., W połowie XVI wieku na ziemiach czeskich nie było ani jednego miasta bez Szkoły protestanckiej, a wiele z nich miało więcej niż jedną, w większości z dwoma do sześciu nauczycielami. W Jihlavie, głównym ośrodku protestanckim na Morawach, było sześć szkół: dwie Czeskie, dwie niemieckie, jedna dla dziewcząt i jedna ucząca łaciny, która była na poziomie liceum / gimnazjum, wykładając łacinę, grekę i Hebrajski, retorykę, dialektykę, podstawy Filozofii i Sztuk Pięknych, a także religię według Luterańskiej Augustany., Z Uniwersytetem Praskim również mocno w rękach protestantów, miejscowy kościół katolicki nie był w stanie konkurować w dziedzinie edukacji. Dlatego Jezuici zostali zaproszeni, przy wsparciu katolickich władców Habsburgów, do przybycia na ziemie Czeskie i założenia szeregu katolickich instytucji edukacyjnych, przede wszystkim Akademii w Pradze i Akademii w Ołomuńcu, stolicy Moraw.

niemniej jednak szlachta była w stanie zmusić cesarza Rudolfa II do wydania listu majestatu w 1609, chroniącego wolność religijną w Królestwie Czech.,

Rudolf II został zastąpiony w 1612 roku przez swojego brata, cesarza Macieja, który starał się umieścić zaciekle Katolickiego Ferdynanda Styrii na tronie czeskim (który był połączony z Marszem Moraw), ale w 1618 roku protestancka szlachta Czeska i Morawska, którzy obawiali się utraty wolności religijnej (dwa kościoły protestanckie zostały już przymusowo zamknięte), rozpoczęła powstanie Czeskie. Bunt został pokonany w 1620 roku w bitwie pod Białą Górą., W konsekwencji miejscowa szlachta protestancka została albo stracona, albo wydalona z kraju, podczas gdy Habsburgowie umieścili na swoim miejscu katolicką (i głównie niemieckojęzyczną) szlachtę. Język czeski został stopniowo zredukowany do środka komunikacji między chłopami, którzy często byli analfabetami. Epoka jest ogólnie określana jako ciemny wiek narodu czeskiego.

protestantom postawiono ultimatum., Byli oni zmuszeni do opuszczenia wielu i zróżnicowanych południowo-wschodnich księstw Świętego Cesarstwa Rzymskiego (głównie Austrii, Węgier, Czech, Moraw, Śląska i części Niemiec i ich wielu państw), lub do praktykowania swoich wierzeń potajemnie. Bracia zostali zmuszeni do działania w podziemiu i ostatecznie rozproszyli się po północnej Europie aż do krajów nizinnych, gdzie biskup Jan Amos Komeński próbował skierować odrodzenie., Największe Pozostałe wspólnoty braci znajdowały się w Lissie w Polsce, która miała historycznie silne związki z Czechami, oraz w małych, izolowanych grupach na Morawach.