8 września 1787 r. Maria Teresa wyszła za mąż za księcia Antoniego z Saksonii przez pełnomocnika we Florencji; para pobrała się osobiście w Dreźnie 18 października 1787 r. Antoni był wcześniej żonaty z Marią Karoliną Sabaudzką, która zmarła na ospę w 1782 roku. Opera Don Giovanni Mozarta pierwotnie miała być wykonana na cześć Marii Teresy i Antoniego Klemensa z okazji ich wizyty w Pradze 14 października 1787, podczas podróży między Dreznem a Wiedniem, a libretta zostały wydrukowane z dedykacją dla nich.,

premiera nie mogła być jednak zaplanowana na czas, więc opera Wesele Figara została zastąpiona na wyraźne polecenie wuja Marii Teresy, Świętego cesarza rzymskiego Józefa II. wybór małżeństwa Figara został przez wielu obserwatorów uznany za niewłaściwy dla nowej panny młodej i para wcześnie opuściła Teatr operowy, nie widząc całego wykonanego dzieła. Mozart gorzko skarżył się na intrygi związane z tym incydentem w liście do swojego przyjaciela Gottfrieda von Jacquina, który został napisany etapami między 15 a 25 października 1787 roku., Była również obecna w Pradze we wrześniu 1791 roku na premierze opery La clemenza di Tito Mozarta, która została napisana w ramach obchodów koronacji jej ojca na króla Czech.

Maria Teresa była opisywana jako prosta i domowa postać, oddana prywatnemu życiu rodzinnemu, i podobno miała ulgę w poślubieniu małżonka, który w momencie małżeństwa nie spodziewał się sukcesji tronu. Jej czworo dzieci zmarło jako niemowlęta., Jednak po śmierci swojej kuzynki i szwagierki, księżnej Karoliny parmeńskiej, ona i jej druga szwagierka, Amalie z Zweibrücken-Birkenfeld, wspólnie odpowiadali za wychowanie dzieci tej pierwszej, co, jak się mówi, było bardzo rygorystyczne.