Articles

sekwencjonowanie DNA

sekwencjonowanie DNA jest metodą laboratoryjną stosowaną do określenia sekwencji Dnamolekule. Metoda została opracowana przez Fredericka Sangera w 1975 roku, który został później uhonorowany Nagrodą Nobla w dziedzinie chemii w 1980 roku za wkład w badanie sekwencji DNA. W związku z tym jest często określany jako sekwencjonowanie Sangera.

w sekwencjonowaniu Sangera DNA, które ma być sekwencjonowane, jest wzorem do syntezy DNA. Podkład DNA ma być punktem wyjściowym do syntezy DNA na nici DNA, które mają być zsekwencjonowane., Przeprowadza się cztery reakcje syntezy DNA. Cztery reakcje obejmują standardowe trójfosforany deoksynukleotydu A, G, C i t (dNTPs), a każda zawiera niski poziom jednego z czterech trójfosforanów dideoksynukleotydu (ddntps): ddATP, ddGTP, ddctp lub ddttp. Cztery reakcje można nazwać A, G, C i T,zgodnie z którym z czterech ddntps został włączony. Gdy ddNTP zostaje przekształcony w łańcuch nukleotydów, synteza kończy się. Dzieje się tak dlatego, że cząsteczka ddNTP nie ma grupy hydroksylowej 3′, która jest wymagana do utworzenia linkwith następnego nukleotydu w łańcuchu., Ponieważ ddNTPs są randomlyincorporated, synteza kończy się w wielu różnych pozycjach dla każdej reakcji.

po syntezie produkty reakcji A, G, C i T są indywidualnie ładowane do czterech pasów pojedynczego żelu i rozdzielane za pomocą gelelektroforezy, metody, która oddziela fragmenty DNA według ich rozmiarów. Wykrywane są opaski żelu, a następnie odczytywana jest sekwencja od dołu żelu do góry, w tym opaski we wszystkich czterech pasach., Na przykład, jeśli najszersze pasmo we wszystkich czterech pasach reakcji pojawia się w pasie reakcji a, to pierwszym nukleotydem w sekwencji jest A. wtedy, jeśli następne pasmo od dołu do góry pojawia się w pasie T, drugim nukleotydem w sekwencji jest T, i tak dalej.Ze względu na zastosowanie dideoksynukleotydów w reakcjach, sekwencjonowanie Sangera jest również nazywane sekwencjonowaniem „dideoksy”.