bevægelsen, der ville udvikle sig til den moraviske Kirke, blev startet af en katolsk præst ved navn Jan Hus (på engelsk John Hus) i det tidlige femtende århundrede. Kirken blev oprettet som en reaktion på praksis i Den Romersk-Katolske Kirke. Hus ønskede at vende kirken i Bøhmen og Moravia tilbage til den tidlige kristendoms praksis: udførelse af liturgien på folks sprog, så lægfolk kunne modtage både brødet og koppen under nattverd og eliminere pavelige aflad og ideen om skærsild., Bevægelsen fik kongelig støtte og en vis uafhængighed i et stykke tid og spredte sig endda over grænsen til Polen, men blev til sidst tvunget til at være underlagt styringen af Rom.

en beredskab af Hus ‘ tilhængere slog en aftale med rom, der gjorde det muligt for dem at realisere de fleste af deres doktrinære mål, samtidig med at de anerkendte autoriteten i Den Romersk-Katolske Kirke; disse blev kaldt Utraistsuists., De resterende hussitter fortsatte med at operere uden for katolicismen og, inden for halvtreds år efter Hus død, var blevet uafhængigt organiseret som ‘Boheme brødre’ eller enhed af brødrene. Denne gruppe opretholdt Hussitteologi (som senere ville læne sig mod lutherske lære), samtidig med at det historiske biskopat blev opretholdt, selv under deres forfølgelse. Bøhmiske brødre Kirke blev grundlagt i Kunvald, Bøhmen, i 1457.

Moravianerne var den tidligste protestantiske kirke, der gjorde oprør mod Roms autoritet omkring halvtreds år før Martin Luther., En usædvanlig og (for sin tid) chokerende tro var gruppens eventuelle fokus på universel uddannelse. I midten af det 16.århundrede var så mange som 90% af indbyggerne i de tjekkiske lande protestantiske. Størstedelen af adelen var protestantisk, de skoler og trykkerier, der blev oprettet af Moravian Church, blomstrede. Meget ofte blev brødrene beskyttet af lokale adelige, der sluttede sig til deres rækker for at hævde deres uafhængighed fra Habsburg .ien., I midten af det 16.århundrede var der ikke en eneste by uden en protestantisk skole i de tjekkiske lande, og mange havde mere end en, for det meste med to til seks lærere hver. I Jihlava, en vigtigste Protestantiske center i Moravia, der var seks skoler: to tjekker, to tyskere, en for piger og en undervisning i Latin, hvilket var på niveau med en høj / grammar school, holdt foredrag på Latin, græsk og hebraisk, Retorik, Dialektik, principper for Filosofi og kunst, samt religion i henhold til den Lutherske Augustana., Med universitetet i Prag også fast i hænderne på protestanter, den lokale katolske kirke var ude af stand til at konkurrere på uddannelsesområdet. Derfor, Jesuitterne var inviteret, med opbakning fra den Katolske Habsburgske herskere, for at komme til de tjekkiske landområder og etablere en række Katolske uddannelsesinstitutioner, først og fremmest på Akademiet i Prag, og Akademiet i Olomouc, Mähriske kapital.

ikke desto mindre var adelen i stand til at tvinge kejser Rudolf II til at udstede Majestætsbrev i 1609 og beskytte religionsfrihed i Kongeriget Bøhmen.,

Rudolf II blev efterfulgt i 1612 med sin bror, Kejser Matthias, der forsøgte at installere den stærkt Katolske Ferdinand af Steiermark på Boheme-tronen (som var sammenbygget med at Marchere i Mähren), men i 1618 Protestantiske Bøhmiske og Mähriske adelsmænd, der var bange for at miste religionsfrihed (to af de Protestantiske kirker, der allerede er magt lukket), startede Boheme Oprør. Oprøret blev besejret i 1620 i Slaget ved Whitehite Mountain., Som følge heraf blev de lokale protestantiske adelsmænd enten henrettet eller udvist fra landet, mens Habsburgerne satte katolske (og for det meste tysktalende) adel i deres sted. Det tjekkiske sprog blev gradvist reduceret til et kommunikationsmiddel mellem bønder, som ofte var analfabeter. Æraen er generelt beskrevet som den tjekkiske Nations mørke tidsalder.protestanter blev tilbudt et ultimatum., De blev tvunget til at vælge enten at lade de mange og varierede sydøstlige fyrstendømmer af, hvad der var det Hellige Romerske Rige (primært Østrig, Ungarn, Böhmen, Mähren, Schlesien og dele af Tyskland og dets mange stater), eller til at praktisere deres tro i hemmelighed. Brødrene blev tvunget til at operere under jorden og til sidst spredt over hele Nordeuropa så langt som til de lave lande, hvor biskop John Amos Comenius forsøgte at lede en genopblussen., De største resterende samfund af brødrene var placeret i Lissa i Polen, som havde historisk stærke bånd til tjekkerne, og i små, isolerede grupper i Moravia.