den 8.September 1787 blev Maria Theresa gift med prins Anthony af Sachsen ved fuldmagt i Firen .e; parret giftede sig senere personligt i Dresden den 18. oktober 1787. Anthony havde tidligere været gift med Maria Carolina af Savoy, der døde af kopper i 1782. Mozarts opera Don Giovanni var oprindeligt beregnet til at blive udført til ære for Maria Theresa og Anthony Clement for deres besøg i Prag den 14 oktober 1787, da de rejste mellem Dresden og Wien, og libretti blev trykt med dedikation til dem.,

premieren kunne ikke være anbragt i gang, men så operaen figaros bryllup blev erstattet på den udtrykkelige ordrer af Maria Theresa ‘ s onkel, den tysk-Romerske Kejser Joseph II. Valget af figaros bryllup blev betragtet som upassende for en ny brud af mange observatører, og parret forlod opera theater i begyndelsen uden at se hele det arbejde, der udføres. Mozart klagede bittert af intriger omkring denne hændelse, i et brev til sin ven Gottfried von Jacquin, der blev skrevet i etaper mellem 15. oktober og 25. oktober 1787., Hun var også til stede i Prag i September 1791 til premieren på Mozarts opera La clemenza di Tito, der var skrevet som en del af festlighederne, der i anledningen af kroningen af sin far som Konge af Bøhmen.Maria Theresa blev beskrevet som en simpel og hjemlig karakter, der var viet til et privat familieliv, og hun blev angiveligt lettet over at gifte sig med en ægtefælle, der på tidspunktet for deres ægteskab ikke forventede at lykkes til en trone. Hendes fire børn døde alle som spædbørn., Men på død af hendes fætter og søster-in-law, Prinsesse Carolina Parma, hun og hendes anden søster-in-law, Amalie af Zweibrücken-Birkenfeld, fælles ansvar for at øge den tidligere ‘ s børn, noget, de siges at have gjort meget strengt.