el movimiento que se desarrollaría en la Iglesia Morava fue iniciado por un sacerdote católico llamado Jan Hus (en Inglés John Hus) a principios del siglo XV. La Iglesia fue establecida como una reacción a las prácticas de la Iglesia Católica Romana. Hus quería devolver a la Iglesia de Bohemia y Moravia a las prácticas del cristianismo primitivo: realizar la liturgia en el idioma del pueblo, permitir que los laicos recibieran tanto el pan como la Copa durante la comunión, y eliminar las indulgencias papales y la idea del Purgatorio., El movimiento obtuvo el apoyo real y una cierta independencia durante un tiempo, incluso se extendió a través de la frontera hacia Polonia, pero finalmente se vio obligado a estar sujeto al gobierno de Roma.

una contingencia de seguidores de Hus llegó a un acuerdo con Roma que les permitió realizar la mayoría de sus objetivos doctrinales, al tiempo que reconocía la Autoridad de la Iglesia Católica Romana; estos fueron llamados los Utraquistas., Los husitas restantes continuaron operando fuera del Catolicismo Romano y, dentro de los cincuenta años de la muerte de Hus, se habían organizado de forma independiente como los «hermanos bohemios» o unidad de los hermanos. Este grupo mantuvo la teología husita (que más tarde se inclinaría hacia las enseñanzas luteranas), mientras mantenía el episcopado histórico, incluso durante su persecución. La Iglesia de los hermanos bohemios fue fundada en Kunvald, Bohemia, en 1457.

los moravos fueron la Primera Iglesia Protestante, rebelándose contra la Autoridad de Roma unos cincuenta años antes que Martín Lutero., Una creencia inusual y (para su tiempo) impactante fue el enfoque final del grupo en la educación universal. A mediados del siglo XVI, el 90% de los habitantes de las tierras checas eran protestantes. La mayoría de la nobleza era protestante, las escuelas y las imprentas establecidas por la Iglesia Morava estaban floreciendo. Muy a menudo los hermanos estaban protegidos por nobles locales que se unieron a sus filas para afirmar su independencia de la Viena de los Habsburgo., A mediados del siglo 16 no había una sola ciudad sin una escuela protestante en las tierras checas, y muchos tenían más de uno, en su mayoría con dos a seis maestros cada uno. En Jihlava, principal centro Protestante de Moravia, había seis escuelas: dos Checas, dos alemanas, una para niñas y una que enseñaba en latín, que estaba al nivel de una escuela secundaria, dando conferencias sobre Latín, Griego y hebreo, retórica, dialéctica, fundamentos de Filosofía y bellas artes, así como religión según la Augustana Luterana., Con la Universidad de Praga también firmemente en manos de los protestantes, la Iglesia católica local no pudo competir en el campo de la educación. Por lo tanto, los jesuitas fueron invitados, con el apoyo de los gobernantes Católicos de los Habsburgo, a venir a las tierras checas y establecer una serie de instituciones educativas católicas, principalmente la Academia en Praga y la Academia en Olomouc, capital de Moravia.

sin embargo, la nobleza fue capaz de obligar al emperador Rodolfo II a emitir una carta de Majestad en 1609, salvaguardando la libertad religiosa en el Reino de Bohemia.,

Rodolfo II fue sucedido en 1612 por su hermano, el emperador Matías, que trató de instalar al ferozmente católico Fernando de Estiria en el trono de Bohemia (que se unió al de la marca de Moravia), pero en 1618 los nobles protestantes bohemios y Moravos, que temían perder la libertad religiosa (dos de las iglesias protestantes ya estaban cerradas por la fuerza), comenzaron la revuelta Bohemia. La revuelta fue derrotada en 1620 en la Batalla de la Montaña Blanca., Como consecuencia, los nobles protestantes locales fueron ejecutados o expulsados del país, mientras que los Habsburgo pusieron a la nobleza Católica (y en su mayoría de habla alemana) en su lugar. El idioma checo se redujo gradualmente a un medio de comunicación entre los campesinos, que a menudo eran analfabetos. La era se describe generalmente como la edad oscura de la nación checa.

a los protestantes se les ofreció un ultimátum., Se vieron obligados a elegir entre abandonar los muchos y variados principados del sureste de lo que fue el Sacro Imperio Romano Germánico (principalmente Austria, Hungría, Bohemia, Moravia, Silesia y partes de Alemania y sus muchos estados), o practicar sus creencias en secreto. Los hermanos se vieron obligados a operar bajo tierra y finalmente se dispersaron por el norte de Europa hasta los Países Bajos, donde el obispo Juan Amos Comenius intentó dirigir un resurgimiento., Las comunidades más grandes restantes de los hermanos se encontraban en Lissa en Polonia, que tenía históricamente fuertes lazos con los checos, y en pequeños grupos aislados en Moravia.