el 8 de septiembre de 1787, María Teresa se casó con el príncipe Antonio de Sajonia por poder en Florencia; la pareja más tarde se casó en persona en Dresde el 18 de octubre de 1787. Antonio había estado casado previamente con María Carolina de Saboya, que murió de viruela en 1782. La ópera Don Giovanni de Mozart estaba originalmente destinada a ser interpretada en honor de María Teresa y Antonio Clemente para su visita a Praga el 14 de octubre de 1787, mientras viajaban entre Dresde y Viena, y los libretos se imprimieron con dedicatoria a ellos.,

el estreno no se pudo arreglar a tiempo, sin embargo, por lo que la ópera El matrimonio de Fígaro fue sustituida por órdenes expresas del tío de María Teresa, El Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico José II. La elección del matrimonio de Fígaro fue considerada impropia para una nueva novia por muchos observadores, y la pareja abandonó el teatro de la ópera temprano sin ver la obra completa representada. Mozart se quejó amargamente de las intrigas que rodearon este incidente en una carta a su amigo Gottfried von Jacquin que fue escrita por etapas entre el 15 y el 25 de octubre de 1787., También estuvo presente en Praga en septiembre de 1791 para el estreno de la Ópera de Mozart La clemenza di Tito, que fue escrita como parte de las celebraciones en honor a la coronación de su padre como rey de Bohemia.

María Teresa fue descrita como un personaje sencillo y hogareño dedicado a una vida familiar privada, y al parecer se sintió aliviada de casarse con un cónyuge que, en el momento de su matrimonio, no se esperaba que tuviera éxito en el trono. Sus cuatro hijos murieron cuando eran bebés., Sin embargo, a la muerte de su prima y cuñada, la princesa Carolina de Parma, ella y su otra cuñada, Amalia de Zweibrücken-Birkenfeld, compartieron la responsabilidad de criar a los hijos de la primera, algo que se dice que hicieron muy estrictamente.