Allopatrinen lajiutuminen tapahtuu silloin, kun uusi laji kehittyy maantieteellinen eristyneisyys sen esi-isä. Näin voi käydä:

yksi laji voisi jakautua kahtia, jos fyysinen este, kuten uusi joki, jakaisi maantieteellisen levinneisyysalueensa. Jos este on riittävän suuri, geenivirta niiden välillä lakkaisi ja kaksi erillistä populaatiota kehittyisi itsenäisesti. Ajan mittaan, eri alleeleja olisi korjattava heitä, joko, koska vaarat mutaatio ja drift, tai siksi, että valinta suosi eri merkkiä kaksi.,

Jos kaksi populaatiot ovat erotettu tarpeeksi kauan, että merkittäviä eroja on tapahtunut, sitten jos este on poistettu, ja asukkaat ovat yhdessä, he voisivat pysyvät erillään toisistaan. Prezygoottinen tai postzygoottinen eristysmekanismi estäisi niiden risteytymisen. Nyt olisi kaksi lajia, joissa olisi aiemmin ollut yksi.

animaatio kuvaa allopatrisen lajiutumisen prosessia.

Kuva: kaksi mallia allopatrinen lajiutuminen., a) mykerökellomalli, jossa esi-isälaji jaetaan kahteen suunnilleen yhtä suureen puoliskoon, joista jokainen muodostaa uuden lajin. (b) reuna eristää malli, jossa uusia lajeja lomakkeet väestön eristetty reunalla esi lajien välillä.