Yuan-dynastian viimeisiä vuosia leimasivat kamppailu, nälänhätä ja kansan katkeruus. Kublai-kaanin seuraajat menettivät aikanaan kaiken vaikutusvaltansa muihin mongolien maihin eri puolilla Aasiaa, sillä Keskivaltakunnan ulkopuoliset mongolit pitivät heitä liian Kiinalaisina. Vähitellen he menettivät vaikutusvaltaansa myös Kiinassa., Myöhempien Yuan-keisarien hallituskaudet olivat lyhyitä ja niitä leimasivat juonittelut ja kilpailut. He eivät olleet kiinnostuneita hallinnosta, vaan heidät erotettiin sekä armeijasta että kansasta, ja Kiinaa repivät erimielisyydet ja levottomuudet. Lainsuojattomat tuhosivat maan heikentyvien Yuan-armeijoiden häiritsemättä.

myöhään 1340-luku lähtien, ihmiset maaseudulla kärsi usein luonnonkatastrofit, kuten kuivuus, tulvat, ja tuloksena nälänhätää, ja hallituksen on puute tehokasta politiikkaa johti menetys kannatusta., Vuonna 1351 alkoi Punaturbaanien kapina, joka kasvoi valtakunnalliseksi kansannousuksi. Kun Toghtogha Vuonna 1354 johti suurta armeijaa murskaamaan Punaturbaanikapinalliset, toghun Temür erotti hänet yllättäen petoksen pelosta. Tämä johti toisaalta Toghun Temürin vallan palauttamiseen ja toisaalta keskushallinnon nopeaan heikentymiseen. Hänellä ei ollut muuta vaihtoehtoa kuin luottaa paikallisten sotapäälliköiden’ sotilaallinen voima, ja vähitellen menetti kiinnostuksensa politiikkaan ja enää puuttua poliittisia kamppailuja, jotka kaikki johtivat virallisen lopussa Yuan-dynastian Kiinassa., Yritettyään saada takaisin Khanbaliqin, joka epäonnistui, hän kuoli Yingchangissa (nykyisessä Sisä-Mongoliassa) vuonna 1370. Ming takavarikoi yingchangin pian tämän kuoleman jälkeen. Jotkut Yuan royal-suvun jäsenet asuvat edelleen Henanissa nykyään.

Prinssi Basalawarmi Liang perustettu erillinen tasku vastus Ming Yunnanin ja Guizhoun, mutta hänen voimansa olivat päättäväisesti kukisti Ming vuonna 1381. Vuoteen 1387 mennessä myös Naghachun johtaman Mantšurian jäljellä olevat Yuan-joukot olivat antautuneet Ming-dynastialle.,

Pohjois Yuania

Yuan jäänteitä vetäytyi Mongolian jälkeen Yingchang laski Ming vuonna 1370, ja siellä virallisesti kantoi nimeä Suuri Yuania, joka tunnetaan Pohjois-Yuan-dynastian. Mukaan Kiinan poliittinen ortodoksisuus, siellä voisi olla vain yksi laillinen-dynastian, jonka hallitsijat olivat siunattu Taivaan sääntö kuin keisarit Kiinassa, ja niin Ming ja Pohjois Yuania evätään toistensa legitimiteettiä kuin keisarit Kiinassa, vaikka Ming teki harkita edellisen Yuania se oli onnistunut, on ollut laillinen-dynastian., Historioitsijat pitävät Ming-dynastian hallitsijoita yleensä Kiinan laillisina keisareina Yuan-dynastian jälkeen.

Ming armeija jatkoi ex-Yuan Mongolien joukkoja Mongolia vuonna 1372, mutta kukisti Mongolien joukot alle Biligtü Khan Ayushiridara ja hänen yleinen Köke Temür. He yrittivät uudelleen vuonna 1380, lopulta voittaen ratkaisevan voiton pohjoisesta yuanista vuonna 1388. Noin 70 000 Mongolia vangittiin ja Karakorum (Pohjois-Yuanin pääkaupunki) erotettiin., Kahdeksan vuotta myöhemmin Pohjois-Yuanin valtaistuimen otti haltuunsa Kublai-kaanin jälkeläisten sijasta Biligtü-kaani Ayushiridara, joka oli Ariq Böken jälkeläinen. Seuraavina vuosisatoina valtaistuimelle nousi Tšingisidihallitsijoita, joista monet olivat pelkkiä keulakuvia niiden sotapäälliköiden toimesta, jotka sattuivat olemaan kaikkein voimakkaimpia. Konfliktit Ming-dynastian kanssa sekoittuivat rauhallisten suhteiden kausiin rajakaupan kanssa.

Pohjois Yuania. Pohjois-Yuan suurimmillaan alueellisesti.,