8. syyskuuta 1787, Maria Theresa oli naimisissa Prinssi Anthony Saksin valtakirjalla Firenzessä; pari meni myöhemmin naimisiin henkilökohtaisesti Dresden 18. lokakuuta 1787. Anthony oli aiemmin ollut naimisissa Savoijilaisen Maria Carolinan kanssa, joka kuoli isorokkoon vuonna 1782. Mozartin ooppera Don Giovanni oli alun perin tarkoitus suorittaa kunniaksi Maria Theresa ja Anthony Clement niiden vierailu Prahassa 14. lokakuuta 1787, kun he matkustivat välillä, Dresdenissä ja Wienissä, ja librettos oli painettu omistautumista heille.,

ensi-ilta voisi olla järjestetty aikaa, kuitenkin niin, ooppera Figaron häät oli korvata pikamääräykset Maria Theresa-setä, Pyhä Rooman Keisari Joseph II. Valinta Figaron häät pidettiin sopimatonta uusi morsian monet tarkkailijat, ja pari lähti opera theater aikaisin näkemättä koko työstä. Mozart valitti katkerasti, juonittelua ympäröivä tämä tapaus kirjeen hänen ystävänsä Gottfried von jacquinin luo, joka oli kirjoitettu vaiheiden välillä 15. lokakuuta ja 25. lokakuuta 1787., Hän oli myös läsnä Prahassa syyskuussa 1791 ensi Mozartin ooppera La clemenza di Tito, joka oli kirjoitettu osana juhlallisuuksia siellä kunniaksi kruunajaisten hänen isänsä Böömin Kuninkaaksi.

Maria Theresa oli kuvattu yksinkertainen ja kodikas merkki omistettu oma perhe-elämä, ja hän oli kuulemma helpottunut naimisiin puoliso, joka oli tuolloin heidän avioliitto ei ole odotettavissa onnistua valtaistuimelle. Hänen neljä lastaan kuolivat kaikki vauvoina., Kuitenkin kuoleman hänen serkku ja sisar-in-law, Prinsessa Carolina Parma, hän ja hänen toinen sisar-in-law, Amalie ja Zweibrücken-Birkenfeld, jaettu vastuu nostaa entinen on lapsia, mitä he ovat sanoneet, että ovat tehneet hyvin tiukasti.