A Morva egyházba fejlődõ mozgalmat Jan Hus (Angolul John Hus) nevű katolikus pap indította el a tizenötödik század elején. Az egyházat a Római Katolikus Egyház gyakorlataira reagálva hozták létre. Hus vissza akarta adni a csehországi és morvaországi egyházat a korai kereszténység gyakorlatához: a liturgiát a nép nyelvén végezte el, lehetővé téve a laikusok számára, hogy a kenyeret és a csészét is megkapják a közösség során, valamint kiküszöbölve a pápai kényeztetést és a purgatórium gondolatát., A mozgalom egy ideig királyi támogatást és bizonyos függetlenséget szerzett, még a határon át is átterjedt Lengyelországra, de végül kénytelen volt alávetni magát Róma irányításának.

Hus követői alkut kötöttek Rómával, amely lehetővé tette számukra, hogy doktrinális céljaik nagy részét megvalósítsák, miközben elismerték a Római Katolikus Egyház tekintélyét; ezeket Utraquistáknak hívták., A fennmaradó husziták továbbra is a Római Katolicizmuson kívül tevékenykedtek, Hus halála után ötven éven belül önállóan szerveződtek, mint a “bohém testvérek” vagy a testvérek egysége. Ez a csoport fenntartotta a huszita teológiát (amely később az evangélikus tanítások felé hajolt), miközben megőrizte a történelmi püspökséget, még üldöztetésük során is. A csehországi Kunvaldban 1457-ben alapították a bohém Testvéregyház templomát.

a Moraviaiak voltak a legkorábbi protestáns egyház, amely mintegy ötven évvel Luther Márton előtt lázadt Róma hatalma ellen., Az egyik szokatlan és (a maga idejében) sokkoló hit volt a csoport végső hangsúly az egyetemes oktatás. A 16. század közepére a Cseh földek lakosságának 90% – a protestáns volt. A nemesség többsége protestáns volt, a Morva egyház által létrehozott iskolák és nyomdák virágoztak. Nagyon gyakran a testvéreket a helyi nemesek védték, akik csatlakoztak soraikhoz, hogy érvényesítsék függetlenségüket A Habsburg Bécstől., A 16. század közepére nem volt egyetlen város sem protestáns iskola nélkül Csehországban, és sokuknak egynél több volt, többnyire két-hat tanárral. Jihlavában, Morvaország egyik fő protestáns központjában hat iskola volt: két cseh, két német, egy lány és egy latin nyelvű tanítás, amely egy középiskola / gimnázium szintjén volt, latin, görög és héber, retorika, dialektika, filozófia és képzőművészet alapjai, valamint vallás az evangélikus Augustana szerint., Mivel a Prágai Egyetem is határozottan a protestánsok kezében volt, a helyi katolikus egyház nem tudott versenyezni az oktatás területén. Ezért a jezsuitákat a katolikus Habsburg uralkodók támogatásával meghívták Csehországba, hogy hozzanak létre számos katolikus oktatási intézményt, elsősorban a Prágai Akadémiát és a Morva fővárosban, Olomoucban található Akadémiát.

Mindazonáltal a nemesség képes volt arra kényszeríteni II. Rudolf császárt, hogy 1609-ben kiadja a Felséglevelet, megőrizve a vallásszabadságot a Cseh Királyságban.,

Rudolf II sikerült 1612 által a bátyja, a Császár Mátyás, aki arra törekedett, hogy telepítse a túlnyomóan Katolikus Ferdinánd Stájerországban a Cseh trónt (ami összenőtt, hogy a Március Morva), de 1618-ban, a Protestáns Cseh, illetve Morva nemesek, aki attól félt, elveszíti a vallásszabadság (két Protestáns egyházat, hogy már erőszakkal zárva), kezdődött a Cseh Felkelés. A lázadást 1620-ban legyőzték a Fehér-hegyi csatában., Ennek következtében a helyi protestáns nemeseket kivégezték vagy kiutasították az országból, míg a Habsburgok katolikus (és többnyire német nyelvű) nemességet helyeztek helyükre. A cseh nyelvet fokozatosan csökkentették a parasztok közötti kommunikáció eszközévé, akik gyakran írástudatlanok voltak. A korszakot általában a cseh nemzet sötét korának nevezik.

A protestánsok ultimátumot kaptak., Arra kényszerítették őket, hogy vagy elhagyják a Szent Római Birodalom (főleg Ausztria, Magyarország, Csehország, Morvaország, Szilézia és Németország egyes részei és számos állama) sok-sok délkeleti fejedelemségét, vagy titokban gyakorolják hitüket. A testvérek kénytelenek voltak a föld alatt működni, és végül szétszóródtak Észak-Európában, egészen az alacsony országokig, ahol John Amos Comenius püspök megpróbált újjáéledni., A legnagyobb megmaradt testvérközösségek Lengyelországban, a csehekkel történelmileg szoros kapcsolatban álló Lissa-ban, valamint Morvaországban kis, elszigetelt csoportokban voltak.