Allopatric speciation akkor fordul elő, amikor egy új faj földrajzi elszigeteltségben fejlődik ősétől. Ez így történhet:

egy faj két részre osztható, ha egy fizikai gát, például egy új folyó, felosztja földrajzi tartományát. Ha a gát elég nagy lenne, a köztük lévő génáramlás megszűnne, és a két különálló populáció egymástól függetlenül fejlődne. Idővel különböző allélokat rögzítenének bennük, akár a mutáció és sodródás veszélyei miatt, akár azért, mert a kiválasztás a kettő különböző karaktereit részesítette előnyben.,

Ha a két populáció elég hosszú ideig el van választva ahhoz, hogy jelentős divergencia alakuljon ki, akkor ha a gátat eltávolítják, és a populációk újra egyesülnek, akkor egymástól elkülönülhetnek. A prezigotikus vagy posztzigotikus izolációs mechanizmus megakadályozná őket a tenyésztés közötti kölcsönhatásban. Most két faj lenne, ahol korábban egy volt.

egy animáció szemlélteti az allopatric speciation folyamatát.

ábra: az allopatric speciation két modellje., a) A buta harang modell, amelyben az ősi faj két nagyjából egyenlő részre oszlik, amelyek mindegyike új fajt alkot. b) a perifériás izolációs modell, amelyben az új faj az ősi fajcsalád szélén izolált populációból alakul ki.