アロパトリック種分化は、新しい種がその祖先から地理的隔離で進化するときに発生します。 それは次のように起こる可能性があります：

新しい川のような物理的な障壁がその地理的範囲を分けた場合、一つの種は二つに分割することが 障壁が十分に大きければ、それらの間の遺伝子の流れは止まり、二つの別々の集団は独立して進化するでしょう。 時間が経つにつれて、突然変異とドリフトの危険性のために、または選択が両者の異なる文字を好むために、異なる対立遺伝子がそれらに固定される,

二つの集団が大きな発散が起こるのに十分な長さで分離されている場合、障壁が取り除かれ、集団が再会された場合、それらは互いに異なるままである可能性がある。 接合前または接合後の単離メカニズムは、それらが間繁殖を妨げるであろう。 現在は二つの種が存在し、かつては一つの種が存在していた。

アニメーションは、アロパトリック種分化のプロセスを示しています。

図：アロパトリック種分化の二つのモデル。, （a）祖先の種は、新しい種を形成するそれぞれが二つのほぼ等しい半分に分割されているダンムベルモデル。 （ｂ）祖先の種の範囲の端で単離された集団から新しい種が形成される周辺分離モデル。