8月1787年、マリア-テレジアはフィレンツェで代理人によってザクセン公アントニオと結婚し、18月1787年にドレスデンで結婚した。 アンソニーは以前にサヴォイアのマリア-カロライナと結婚していたが、1782年に天然痘で亡くなった。 モーツァルトのオペラ”ドン-ジョヴァンニ”は、もともとマリア-テレジアとアンソニー-クレメントが14日にプラハを訪れた1787年にドレスデンとウィーンの間を旅したことにちなんで上演されることが意図されており、台本は彼らに献呈された。,

初演は間に合わなかったので、オペラ”フィガロの結婚”は、マリア-テレジアの叔父である神聖ローマ皇帝ヨーゼフ二世の明白な命令で置き換えられました。 モーツァルトは、15月から25月にかけて1787年に書かれた友人のゴットフリート-フォン-ジャッキーンへの手紙の中で、この事件を取り巻く陰謀について激しく訴えた。, また、1791年にはモーツァルトのオペラ”La clemenza di Tito”の初演のためにプラハに出席し、ボヘミア王としての父の戴冠式に敬意を表してそこで祝賀会の一環として書かれた。

マリア-テレジアは、私的な家庭生活に専念するシンプルで家庭的な性格として描写され、結婚時に王位を継承することが期待されていなかった配偶者と結婚することに安心したと伝えられている。 彼女の四人の子供はすべて幼児として死亡した。, しかし、彼女のいとこと義理の妹、パルマのカロリーナ王女の死に際して、彼女と彼女の他の義理の妹、ツヴァイブリュッケン-ビルケンフェルトのアマーリエは、前者の子供たちを育てる責任を共有した。