モラヴィア教会に発展する運動は、十五世紀初頭にJan Hus（英語ではJohn Hus）というカトリック司祭によって始まりました。 この教会は、ローマ-カトリック教会の実践に対する反応として設立されました。 フスはボヘミアとモラヴィアの教会を初期キリスト教の慣行に戻したいと考えていた：人々の言語で典礼を行い、在家の人々が聖体拝領の間にパンと杯の両方を受け取ることを可能にし、教皇の寛容と煉獄の考えを排除する。, この運動はしばらくの間王室の支持と一定の独立を得て、国境を越えてポーランドにまで広がったが、最終的にはローマの統治の対象となることを余儀なくされた。

フスの信者の不測の事態は、彼らがローマ-カトリック教会の権威を認識しながら、彼らの教義上の目標のほとんどを実現することを可能にしたローマとの契約を打った。, 残りのフス派はローマ-カトリックの外で活動を続け、フスの死から五十年以内に、”ボヘミアの兄弟”または兄弟の統一として独立して組織された。 このグループは、迫害の間でさえ、歴史的な聖公会を維持しながら、（後にルター派の教えに傾くだろう）フス派神学を維持しました。 ボヘミア兄弟教会は1457年にボヘミアのクンヴァルトに設立されました。

モラヴィア人は最も初期のプロテスタント教会であり、マルティン-ルターの五十年前にローマの権威に反抗した。, 一つの珍しいと（その時間のために）衝撃的な信念は、グループの最終的な普遍的な教育に焦点を当てていました。 16世紀半ばまでに、チェコの土地の住民の90％がプロテスタントであった。 貴族の大半はプロテスタントであり、モラヴィア教会によって設立された学校や印刷店が繁栄していた。 非常に多くの兄弟たちで保護されていた地域の貴族の方の仲間を主張からの独立性ハプスブルクウィーンにあります。, 16世紀半ばまでには、チェコの土地にプロテスタントの学校がない単一の町はなく、多くは複数の教師を持っていました。 モラヴィアの主要なプロテスタントセンターであるイフラヴァには、六つの学校がありました：二つのチェコ語、二つのドイツ語、女の子のための一つとラテン語で教える一つは、ラテン語、ギリシャ語、ヘブライ語、修辞学、弁証法、哲学と美術の基礎だけでなく、ルター派アウグスタナに従って宗教について講義し、高/文法学校のレベルであった。, プラハ大学もしっかりとプロテスタントの手の中にあるため、地元のカトリック教会は教育の分野で競争することができませんでした。 したがって、イエズス会はカトリックのハプスブルク家の支配者の支援を受けてチェコに招かれ、プラハのアカデミーとモラヴィアの首都オロモウツのアカデミーを中心とした多くのカトリック教育機関を設立した。

それにもかかわらず、貴族は1609年に皇帝ルドルフ二世に陛下の手紙を発行させ、ボヘミア王国の信教の自由を守ることができました。,

ルドルフ二世は1612年に弟の皇帝マティアスによって継承されたが、1618年には信教の自由を失うことを恐れたプロテスタントのボヘミア人とモラヴィアの貴族がボヘミアの反乱を起こした。 この反乱は1620年にホワイトマウンテンの戦いで敗北した。, 結果として、地元のプロテスタントの貴族は処刑されるか追放され、ハプスブルク家はカトリック（そして主にドイツ語を話す）の貴族をその代わりに置いた。 チェコ語は徐々に、しばしば文盲であった農民の間のコミュニケーション手段に縮小されました。 この時代は、一般的にチェコ国家の暗黒時代として記述されています。

プロテスタントは最後通告を申し出られました。, 彼らは神聖ローマ帝国（主にオーストリア、ハンガリー、ボヘミア、モラヴィア、シレジア、ドイツの一部およびその多くの州）の多くの多様な南東の公国を離れるか、密かに信仰を実践するかを選択することを余儀なくされた。 兄弟たちは地下で活動することを余儀なくされ、最終的には北ヨーロッパ全土に分散し、司教ジョン-エイモス-コメニウスが復活を指示しようとした。, 兄弟の最大の残りのコミュニティは、チェコ人と歴史的に強いつながりを持っていたポーランドのリッサとモラヴィアの小さな孤立したグループにあ