rörelsen som skulle utvecklas till den mähriska kyrkan startades av en katolsk präst som heter Jan Hus (på engelska John Hus) i början av femtonde århundradet. Kyrkan grundades som en reaktion på den Romersk-katolska kyrkans praxis. Hus ville återvända till kyrkan i Böhmen och Mähren till den tidiga kristendomens praxis: utföra liturgin på folkets språk, så att lekmän kunde ta emot både bröd och kopp under kommunionen och eliminera påvliga avlat och tanken på purgatory., Rörelsen fick kungligt stöd och ett visst oberoende ett tag, till och med sprida sig över gränsen till Polen, men tvingades så småningom bli föremål för styrningen av Rom.

en kontingens av Hus anhängare slog en överenskommelse med Rom som gjorde det möjligt för dem att förverkliga de flesta av sina doktrinära mål, samtidigt som de erkände den Romersk-katolska kyrkans auktoritet; dessa kallades Utraquisterna., De återstående hussiterna fortsatte att verka utanför den romerska katolicismen och inom femtio år efter Hus död hade de blivit självständigt organiserade som brödernas ”Bohemiska bröder” eller enhet. Denna grupp upprätthöll Hussiteteologi (som senare skulle luta sig mot lutherska läror), samtidigt som det historiska episkopatet upprätthölls, även under deras förföljelse. Den bohemiska brödernas kyrka grundades i Kunvald, Böhmen, 1457.

Moravierna var den tidigaste protestantiska kyrkan och gjorde uppror mot Roms auktoritet ungefär femtio år före Martin Luther., En ovanlig och (för sin tid) chockerande tro var gruppens slutliga fokus på universell utbildning. I mitten av 1500-talet var så många som 90% av invånarna i de tjeckiska länderna protestantiska. Majoriteten av adeln var Protestant, de skolor och tryckerier som etablerades av den mähriska kyrkan blomstrade. Mycket ofta var bröderna skyddade av lokala adelsmän som gick med i sina led för att hävda sin självständighet från Habsburg Wien., Vid mitten av 1500-talet fanns det inte en enda stad utan en protestantisk skola i de tjeckiska länderna, och många hade mer än en, mestadels med två till sex lärare vardera. I Jihlava, en rektor protestantiska centrum i Mähren, fanns sex skolor: två tjeckiska, två tyska, en för flickor och en undervisning på Latin, som var på samma nivå som en hög / grammatik skola, föreläser på Latin, grekiska och hebreiska, retorik, dialektik, grunderna i filosofi och konst, samt religion enligt den lutherska Augustana., Med universitetet i Prag också fast i händerna på protestanter, den lokala katolska kyrkan kunde inte konkurrera inom utbildningsområdet. Därför blev jesuiterna inbjudna, med stöd av de katolska habsburgernas härskare, att komma till de tjeckiska länderna och etablera ett antal katolska utbildningsinstitutioner, främst Akademin i Prag och akademin i Olomouc, Moravian capital.

adeln kunde dock tvinga kejsaren Rudolf II att utfärda Majestätbrev år 1609 och skydda religionsfriheten i Konungariket Böhmen.,Rudolf II efterträddes 1612 av sin bror, kejsaren Matthias, som försökte installera den våldsamt katolska Ferdinand av Steiermark på den bohemiska tronen (som samlades med Mährens marsch), men år 1618 började den protestantiska Bohemiska och mähriska adelsmannen, som fruktade att förlora religionsfriheten (två av de protestantiska kyrkorna var redan tvångsförbud), den bohemiska revolten. Revolten besegrades 1620 i slaget vid White Mountain., Till följd av detta avrättades eller utvisades de lokala protestantiska adelsmännen från landet medan Habsburgarna satte katolsk (och mestadels tysktalande) adel i deras ställe. Det tjeckiska språket reducerades gradvis till ett kommunikationsmedel mellan bönder, som ofta var analfabeter. Eran beskrivs allmänt som den tjeckiska nationens mörka ålder.

protestanter erbjöds ett ultimatum., De tvingades välja att antingen lämna de många och varierade sydöstra furstendömen i vad som var det heliga romerska riket (främst Österrike, Ungern, Böhmen, Mähren, Schlesien och delar av Tyskland och dess många stater), eller att utöva sin tro i hemlighet. Bröderna tvingades operera under jord och så småningom spridda över norra Europa så långt som de låga länderna, där biskop John Amos Comenius försökte styra en återuppkomst., Brödernas största återstående samhällen var belägna i Lissa i Polen, som hade historiskt starka band med tjeckerna och i små isolerade grupper i Mähren.