Některé děti s autismem nést vzácné mutace v DNA segmenty, které lemují geny a kontrolu jejich vyjádření — a mají tendenci dědit tyto mutace z jejich nedotčena otců, podle studie zveřejněné dnes v Science1.

nález je neočekávaný, protože většina studií implikuje mutace zděděné od matek s rizikem autismu., Z tohoto důvodu jsou někteří odborníci skeptičtí k výsledkům.

studie je dosud největší, aby prozkoumala, jak mutace mimo geny přispívají k autismu: je založena na analýze 9,274 celých genomů. A zaměřuje se na „strukturální varianty“ — delece nebo duplikace v DNA-v těchto nekódujících oblastech. Jakmile jsou některé z těchto oblastí propuštěny jako „nevyžádaná DNA“, je nyní známo, že kontrolují expresi genů.,

„to jsou typy variant, které se před, když jsi klinické genetické testy, ty by se ignorovat,“ říká hlavní vyšetřovatel Jonathan Šebat, šéf Beyster Centra pro Genomiku a Neuropyschiatric Onemocnění na University of California, San Diego.

varianty celkově představují pouze malý podíl jedinců s autismem: odhadem 0, 39 až 1, 13 procenta.

“ to je velmi nízké “ a rozsah je poměrně široký, říká Yufeng Shen, odborný asistent systémové biologie a biomedicínské informatiky na Columbia University, který se na práci nepodílel., „Tento papír se mi hodně líbí, je to velmi dobré,“ říká, ale „větší vzorek by byl schopen přesněji odhadnout tento zlomek.“

Praní sekvence:

Šebat a jeho kolegové sekvenovaných genomů 311 rodin, které mají alespoň jedno dítě s autismem. Analyzovali také genomy 518 jedinců s autismem a jejich neovlivněných rodičů a sourozenců.

Sebatův tým zjistil strukturní varianty 100 nebo více písmen DNA. Našli v průměru asi 3700 takových zděděných variant u jedné osoby.,

poté se zaměřili na oblasti lemující geny, které jsou v běžné populaci zřídka mutovány. (Alternativou by bylo podívat se na genomy jako celek „agnostickým“ způsobem.) Zjistili, že děti s autismem dědí od svých otců asi dvakrát tolik vzácných variant, než by se dalo očekávat náhodou. Naproti tomu vzácné varianty zděděné od matek přispívají k autismu minimální, zjistili. Neidentifikovali žádné neinherované nebo de novo mutace spojené s autismem.

Sebat a jeho kolegové zveřejnili své výsledky na serveru preprint v březnu 2017., Svá zjištění pak ověřili v nezávislém vzorku sekvencí z 1771 rodin, které mají alespoň jedno dítě s autismem.

tato strategie stanovila vysokou laťku pro vědeckou přísnost, říká Sebat.

“ než jsme provedli replikaci, řekli jsme všem, jaký byl výsledek a jak jsme provedli analýzu,“ říká. „Byli jsme naprosto transparentní ohledně toho, jaké hypotézy budeme testovat ve vzorku replikace a jak to uděláme.“

jiní říkají, že replikace zvyšuje dopad studie., „Jsem povzbuzen replikací výsledku,“ říká Evan Eichler, profesor genomových věd na Washingtonské univerzitě v Seattlu, který se studie nezúčastnil.

Srovnání závěry:

Nicméně, Šebat výsledky přímo v rozporu s těmi z dalších dvou týmů, které byly analyzovány některé stejné sekvence: Ani jeden z těch týmů našel nějaké zděděné strukturální varianty spojené s autismem v noncoding regionů.

jeden z týmů, vedený Eichlerem, v říjnu oznámil, že našli mutace „de novo“ spojené s autismem v nekódující DNA., Studie od druhého týmu je v tisku, ale nenalezla ani zděděné ani de novo varianty spojené s autismem v regionech.

rozdíly mohou být částečně vysvětleny rozdíly v algoritmech a metody týmy používaly, říká Lucie Peixoto, asistent profesor biomedicínských věd na Washington State University Spokane, který není zapojen v žádné z těchto studií. „Takže ve skutečnosti nejsou srovnatelné,“ říká. Například studie v tisku použila Agnostický přístup.,

Šebat analýza také nezahrnuje malých delecí a duplikací nazývá indels, které jsou mnohem hojnější v genomu než větší varianty, říká Michael Talkowski, profesor neurologie na Harvard University, který spolu-vedl studii, v tisku. Zahrnutí všech těchto výsledků do analýzy by podle něj mohlo změnit závěr.

“ jedná se o počátky průzkumu celého genomu,“ říká Talkowski., „Domnívám se, že budeme potřebovat dramaticky větší vzorky a sladit naše anotace a přístupy, než budeme moci posoudit skutečnou replikaci napříč těmito studiemi a dospět ke srovnatelným závěrům.“

ochranný účinek:

výsledky jsou také v rozporu s převládající teorií autismu ,“ ženský ochranný účinek. Podle této teorie jsou ženy nějakým způsobem chráněny před mutacemi, které by mohly vyvolat autismus, ale někdy mutace předávají svým synům.,

a Co víc, žádná jiná třída genetické varianty spojené s autismem ukazuje otcovské dědictví, vzor, poznámky Stephan Sanders, asistent profesor psychiatrie na University of California, San Francisco. Sanders byl jedním z vůdců studie v tisku.

„To se neshoduje s ženské ochranný účinek, pro který tam je podstatný důkaz, který by předpovídají přebytek otcovsky přenosných variant v žádné třídě variace,“ říká.

Sebat říká, že zjištění nejsou v rozporu s touto teorií., Říká, že autismus může pramenit z kombinace silného kódování mutace zděděné od matky a méně výkonné noncoding mutace zděděné od otce.

jeho tým plánuje analyzovat více celých genomů, jakmile budou k dispozici. S větší velikostí vzorku, Šebat říká, že bude moci otestovat dva-hit‘ hypotéza. Jeho tým také zkoumá účinky nekódujících mutací, které odhalili.