Den bevegelse som ville utvikle seg til Moravian Church ble startet av en Katolsk prest som het Jan Hus (på engelsk John Hus) i tidlig i det femtende århundre. Kirken ble etablert som en reaksjon på praksis i den Romersk-Katolske Kirken. Hus ønsket å gå tilbake til Kirken i Böhmen og Mähren til praksis i tidlig Kristendom: utfører liturgien i språket til folket, slik at legfolk til å motta både brødet og kalken under nattverden, og eliminere Pavelige avlat og ideen om skjærsilden., Bevegelsen fikk royal støtte og en viss uavhengighet for en stund, selv sprer seg over grensen til Polen, men ble til slutt tvunget til å være underlagt styring av Roma.

En beredskap av Hus tilhengere truffet en avtale med Roma som tillot dem å realisere de fleste av sine doktrinære mål, mens erkjennelsen av den myndighet den Romersk-Katolske Kirke, disse ble kalt Utraquists., De resterende Hussites fortsatte å operere utenfor Katolisismen og, i løpet av femti år med Hus er død, hadde blitt uavhengig organisert som «Bøhmiske Brødre» eller Enhet av Brødrene. Denne gruppen opprettholdt Hussite teologi (som senere skulle lene seg mot Lutherske læren), og samtidig opprettholde den historiske episkopat, selv under sin forfølgelse. Den Bøhmiske Brødre ‘ s Church ble grunnlagt i Kunvald, Böhmen, i 1457.

Moravians var den første Protestantiske Kirken, opprør mot den myndighet av Roma, noen for femti år før Martin Luther., En uvanlig og (for sin tid) sjokkerende tro var konsernets eventuell fokus på universell utdanning. Ved midten av 16. århundre så mange som 90% av innbyggerne i tsjekkia var Protestant. Flertallet av adelen var Protestantiske skoler og utskrift-butikker etablert av Moravian Church var blomstrende. Svært ofte Brødrene var beskyttet av lokale adelen som sluttet seg til sine rekker å hevde sin uavhengighet fra Habsburg Wien., Ved midten av det 16. århundre var det ikke en eneste byen uten en Protestantisk skole i tsjekkia, og mange hadde flere enn én, for det meste med to til seks lærere hver. I Jihlava, en rektor Protestantiske center i Mähren, var det seks skoler: to tsjekkiske, to tyske, en for jenter og en undervisning i Latin, som var på nivå med en høy / videregående skole, foredrag på Latin, gresk og hebraisk, Rhetorics, Dialectics, grunnleggende Filosofi og kunst, så vel som religion i henhold til den Lutherske Augustana., Med Universitetet i Praha også godt i hendene av Protestanter, den lokale Katolske kirken var ikke i stand til å konkurrere innen utdanning. Derfor, Jesuittene ble invitert, med støtte fra den Katolske Habsburg herskere, for å komme til tsjekkia og etablere en rekke Katolske institusjoner, først og fremst kunstakademiet i Praha og the Academy i Olomouc, Moravian hovedstaden.

Likevel, adelen var i stand til å tvinge keiser Rudolf II til å utstede Brev av Majestet i 1609, å ivareta den religiøse frihet i Kongeriket Böhmen.,

Rudolf II ble etterfulgt i 1612 av sin bror, Keiser Matthias som forsøkte å installere sterkt Katolske Ferdinand Steiermark på den Bohemske tronen (som var conjoined med at av Mars Mähren), men i 1618 den Protestantiske Bohemsk og Moravian adelsmenn, som fryktet å miste religiøs frihet (to av de Protestantiske kirker som allerede aldri med kraft mot skjermen lukket), startet den Bohemske Opprør. Opprøret ble slått i 1620 i Slaget ved White Mountain., Som følge av det lokale Protestantiske adelsmenn var enten henrettet eller utvist fra landet mens Habsburgerne sette Katolske (og det meste tysktalende) adelen i deres sted. Det tsjekkiske språket ble gradvis redusert til et middel for kommunikasjon mellom bønder, som ofte var analfabeter. Era er generelt beskrevet som Mørk Alder av den tsjekkiske Nasjon.

Protestanter ble tilbudt et ultimatum., De ble tvunget til å velge mellom å enten forlate mange og varierte sørøst fyrstedømmer av hva som var den Hellige Romerske Riket (hovedsakelig Østerrike, Ungarn, Böhmen, Mähren, Schlesien og deler av Tyskland og dets mange stater), eller til å praktisere sin tro i all hemmelighet. Brødrene ble tvunget til å operere under bakken og til slutt spredt over Nord-Europa så langt som Lav Land, hvor Biskop John Amos Comenius forsøkt å rette en oppblomstring., De største gjenværende samfunn av Brødrene ligger i Lissa i Polen, som hadde historisk sterke bånd med Tsjekkere, og i små, isolerte grupper i Moravia.