På 8 September 1787, Maria Theresa var gift med Prins Anthony av Sachsen ved fullmektig i Firenze, og paret giftet seg senere med i person i Dresden på 18 oktober 1787. Anthony hadde tidligere vært gift med Maria Carolina Savoy, som døde av kopper i 1782. Mozarts opera Don Giovanni var opprinnelig ment å bli utført i ære for Maria Theresa og Anthony Clement for deres besøk til Praha på 14 oktober 1787, som de reiste til mellom Dresden og Wien, og librettos ble trykt med dedikasjon til dem.,

premiere kunne ikke ordnes i tid, men slik at opera figaros bryllup ble erstattet på express bestillinger av Maria Theresa ‘ s onkel, Hellige Romerske Keiser Joseph II. Valg av figaros bryllup ble ansett som upassende for en ny brud av mange observatører, og paret forlot opera theater tidlig uten å se det hele utført arbeid. Mozart klaget bittert av intriger rundt denne hendelsen i et brev til sin venn Gottfried von Jacquin som ble skrevet i etapper mellom 15. oktober og 25. oktober 1787., Hun var også til stede i Praha i September 1791 for premieren av Mozarts opera La clemenza di Tito, som var skrevet som en del av feiringen er det i ære av kroningen av hennes far som Konge av Böhmen.

Maria Theresa ble beskrevet som en enkel og hjemlig karakter viet til en privat familie liv, og hun var angivelig lettet over å gifte seg med en ektefelle som var, på den tiden av sitt ekteskap, forventes ikke å lykkes til en trone. Hennes fire barn som alle døde som spedbarn., Imidlertid, ved døden av sin fetter og svigerinne, Prinsesse Carolina av Parma, hun og hennes andre søster-i-lov, Amalie til Zweibrücken-Birkenfeld, felles ansvar for å øke tidligere er barn, noe de er sagt å ha gjort et svært strengt.