De siste årene av Yuan-dynastiet var preget av kamp, hungersnød og bitterhet blant befolkningen. I tid, Kublai Khan ‘ s etterfølgere mistet all innflytelse på andre Mongolske land i Asia, som Mongolene utenfor Midt-england så dem som også Kinesisk. Gradvis, de mistet innflytelse i Kina også., Regimene i den senere Yuan keisere var kort og preget av intriger og rivalisering. Uinteressert i administrasjon, ble de separert fra både hæren og befolkningen, og Kina var preget av strid og uro. Outlaws herjet landet uten innblanding fra svekkelsen Yuan hærer.

Fra slutten av 1340s utover, folk på landet led av hyppige naturkatastrofer som tørke, flom, og påfølgende hungersnød, og regjeringens mangel på effektiv politikk førte til et tap av offentlig støtte., I 1351, den Røde Turban Opprøret startet, og vokste til et landsomfattende opprør. I 1354, når Toghtogha ledet en stor hær for å knuse den Røde Turban opprørere, Toghun Temür plutselig sparket ham i frykt for svik. Dette resulterte i Toghun Temür er restaurering av makt på den ene siden og en rask svekkelse av den sentrale regjeringen på den andre. Han hadde ikke noe annet valg enn å stole på lokale krigsherrer’ militære makt, og etter hvert mistet interessen for politikk og sluttet å gripe inn i politiske kamper, alle noe som førte til at den offisielle slutten av Yuan-dynastiet i Kina., Etter å ha prøvd å gjenvinne Khanbaliq, en innsats som mislyktes, han døde i Yingchang (som ligger i dagens Indre Mongolia) i 1370. Yingchang ble beslaglagt av Ming kort tid etter hans død. Noen Yuan kongelige familiemedlemmer som fremdeles lever i Henan i dag.

Prince Basalawarmi av Liang etablert en egen lomme for motstand mot Ming i Yunnan og Guizhou, men hans styrker ble grundig slått av Ming i 1381. Ved 1387 gjenværende Yuan styrker i Mandsjuria under Naghachu hadde også overga seg til Ming-dynastiet.,

Nord-Yuan

The Yuan rester trakk seg tilbake til Mongolia etter Yingchang falt til Ming i 1370, og det formelt gjennomført på navnet Flott Yuan i det som er kjent som Nord-Yuan-dynastiet. I henhold til Kinesisk politisk ortodoksi, det kan bare være en legitim dynastiet som herskere var velsignet av Himmelen for å herske som keisere av Kina, og så Ming-og Nord-Yuan nektet hverandres legitimitet som keisere av Kina, selv om Ming gjorde vurdere tidligere Yuan det hadde lyktes å ha vært en legitim dynastiet., Historikere generelt hensyn Ming-dynastiet herskere som den legitime keisere av Kina etter Yuan-dynastiet.

Ming hæren forfulgte ex-Yuan Mongolske styrker i Mongolia i 1372, men ble beseiret av den Mongolske styrker under Biligtü Khan Ayushiridara og hans generelle Köke Temür. De prøvde igjen i 1380, til syvende og sist vant en avgjørende seier over den Nordlige Yuan i 1388. Rundt 70.000 Mongolene var tatt til fange, og Karakorum (den Nordlige Yuan kapital) ble plyndret., Åtte år senere, den Nordlige Yuan tronen ble tatt over av Biligtü Khan Ayushiridara, en etterkommer av Ariq Böke, i stedet for etterkommere av Kublai Khan. De følgende århundrer så en rad av Genghisid herskere, mange av dem var bare figureheads satt på tronen av de krigsherrer som skjedde til å være den mest effektive. Perioder med konflikt med Ming-dynastiet blandet med perioder med fredelige forbindelser med grensehandel.

Nord-Yuan. Den Nordlige Yuan på sin største territoriale utstrekning.,