Jotkut lapset, joilla on autismi kuljettaa harvinaisten mutaatioiden DNA-segmentit, että kylki geenit ja valvoa niiden ilmaisu — ja he yleensä perivät nämä mutaatiot niiden ennallaan isät, mukaan tutkimus julkaistiin tänään Science1.

havainto on odottamaton, koska useimmissa tutkimuksissa on havaittu autismiriskissä äideiltä periytyviä mutaatioita., Tästä syystä osa asiantuntijoista suhtautuu tuloksiin epäilevästi.

tutkimus on suurin vielä tutkia, miten mutaatiot ulkopuolella geenit edistävät autismi: Se perustuu analyysi 9,274 koko genomit. Ja se keskittyy rakenteellisen variantit’ — poistot tai päällekkäisyyksiä, DNA — näissä noncoding alueilla. Kun hylättävä ’roska-DNA: ta, jotkut nämä alueet ovat nyt tiedossa valvoa geenien ilmentymistä.,

”Nämä ovat eri vaihtoehtoja, jotka ennen, jos et kliininen, geneettinen testaus, voisitte jättää”, sanoo johtaa tutkija Jonathan Sebat, päällikkö Beyster Center for Genomiikka ja Neuropyschiatric Sairauksia, University of California, San Diego.

variantteja on kuitenkin vain pieni osa autistisista henkilöistä: arviolta 0,39-1,13 prosenttia.

”hyvin pieni”, ja valikoima on varsin laaja, sanoo Yufeng Shen, apulaisprofessori järjestelmien biologian ja biolääketieteen tietotekniikan Columbian Yliopistossa, joka ei ollut mukana työssä., ”Pidän tästä kirjasta paljon, se on erittäin hyvä”, hän sanoo, mutta ”suurempi otos olisi voinut arvioida tämän jakeen tarkemmin.”

Pesu sarjoissa:

Sebat ja hänen kollegansa sekvensoitiin genomien 311 perheet, joilla on vähintään yksi lapsi, jolla on autismi. He analysoivat myös 518 autistista yksilöä ja heidän muuttumattomia vanhempiaan ja sisaruksiaan.

Sebatin tiimi havaitsi 100 tai useamman DNA-kirjaimen rakenteellisia variantteja. He löysivät keskimäärin noin 3700 tällaista perittyä muunnosta yhdestäkään henkilöstä.,

tämän jälkeen he keskittyivät alueisiin, jotka sivuavat geenejä, jotka muuntuvat yleisessä populaatiossa harvoin. (Vaihtoehtona olisi tarkastella genomeja kokonaisuutena ”agnostisella” tavalla.) He havaitsivat, että autismia sairastavat lapset perivät isiltään noin kaksi kertaa niin paljon harvinaisia variantteja kuin sattumalta odotettaisiin. Sen sijaan äideiltä perityt harvinaiset muunnokset vaikuttavat autismiin hyvin vähän, he havaitsivat. He eivät tunnistaneet autismiin liittyviä Ei-perinnöllisiä mutaatioita Eli de novo-mutaatioita.

Sebat kollegoineen julkaisi tuloksensa preprint-palvelimella maaliskuussa 2017., Sitten he validoitu niiden tulokset riippumattoman näytteen sekvenssit 1,771 perheet, joilla on vähintään yksi lapsi, jolla on autismi.

Tämä strategia asetti korkean riman tieteelliselle jäykkyydelle, Sebat sanoo.

”ennen replikaatiota kerroimme kaikille, mikä tulos oli ja miten teimme analyysin”, hän sanoo. ”Olimme täysin avoimia siitä, mitä hypoteeseja aiomme testata replikaatio näyte ja miten aiomme tehdä sen.”

muiden mukaan replikaatio parantaa tutkimuksen vaikutusta., ”Olen ilahtunut replikointi tulos”, sanoo Evan Eichler, professori genome sciences, University of Washington Seattlessa, joka ei ollut mukana tutkimuksessa.

Vertaamalla päätelmät:

Kuitenkin, Sebat tulokset suoraan ristiriidassa ne kaksi muuta joukkuetta, jotka ovat analysoineet joitakin samoja sekvenssejä: Kumpaakaan joukkuetta löytynyt mitään perinnöllinen rakenteelliset variantit liittyvät autismin noncoding alueilla.

Yksi joukkueet, johti Eichler, ilmoitti lokakuussa, että he löysivät ”de novo” – mutaatioiden yhteydessä autismin noncoding DNA: ta., Toisen ryhmän tutkimus on lehdistössä, mutta se ei löytänyt alueilta autismiin liittyviä perittyjä eikä de novo-variantteja.

erot saattavat osittain johtua eroista algoritmeja ja menetelmiä joukkueet käytetään, sanoo Lucia Peixoton, apulaisprofessori biolääketieteen laitos Washington State University Spokane, joka ei ole mukana missään tutkimuksissa. ”Ne eivät siis todellakaan ole vertailukelpoisia”, hän sanoo. Esimerkiksi lehdistössä tehdyssä tutkimuksessa käytettiin agnostista lähestymistapaa.,

Sebat analyysi ei myöskään kata pieniä poistot ja päällekkäisyyksiä kutsutaan indels, jotka ovat paljon runsaammin genomin kuin suuremmat vaihtoehdot, sanoo Michael Talkowski, apulaisprofessori neurologian professori Harvardin Yliopistossa, jotka tekevät yhteistyötä johti tutkimusta lehdistössä. Kaikkien näiden tulosten sisällyttäminen analyysiin saattaa muuttaa päätelmää, hän sanoo.

”Nämä ovat alkuaikoina koko genomin tutkimus,” Talkowski sanoo., ”Epäilen, että meidän on dramaattisesti suurempi näytteitä, ja yhdenmukaistaa meidän merkintöjä ja lähestymistapoja, ennen kuin voimme arvioida, totta replikointi kaikissa tutkimuksissa ja vertailukelpoisiin johtopäätöksiä.”

Suojaava vaikutus:

tulokset ovat myös ristiriidassa vallitsevan teorian autismi, ’naispuolinen suojaava vaikutus.’Tämän teorian mukaan naiset ovat jotenkin suojattu mutaatioita, jotka voivat aiheuttaa autismia, mutta joskus siirtää mutaatioita alas heidän poikansa.,

Mitä enemmän, ei muita luokan geneettisiä variantteja liittyy autismi näkyy isän perintö kuvio, toteaa Stephan Sanders, avustaja psykiatrian professori University of California, San Francisco. Sanders oli yksi tutkimuksen johtajista lehdistössä.

”Se ei vastaa naisten suojaava vaikutus, josta on merkittävää näyttöä, ja joka ei ennustaa yli isältä lähetetään vaihtoehdot missään luokassa vaihtelua”, hän sanoo.

Sebat sanoo, että havainnot eivät ole ristiriidassa tämän teorian., Hän sanoo, että autismi voi johtua yhdistelmä tehokas koodaus mutaatio periytyy äidin ja vähemmän tehokas noncoding mutaatio periytyy isältä.

hänen tiiminsä aikoo analysoida lisää kokonaisia genomeja niiden tullessa saataville. Sebat kertoo, että suuremmalla otoskoolla hän pystyy testaamaan tätä ”kahden osuman” hypoteesia. Hänen tiiminsä tutkii myös havaitsemiensa ei-koodaavien mutaatioiden vaikutuksia.